Der Kanton Thurgau verfügt mit der Pädagogischen Hochschule Thurgau über eine eigene Hochschule. Zudem ist er Mitträger der OST – Ostschweizer Fachhochschule und der Interkantonalen Hochschule für Heilpädagogik in Zürich. Mit der Universität Konstanz und der Hochschule Konstanz (HTWG) pflegt der Kanton Thurgau eine enge Kooperation.

Die Abteilung Ausbildungsbeiträge des Amtes für Mittel- und Hochschulen ist zuständig für die Berechnung und Auszahlung von Stipendien und Darlehen an Studierende sowie Schülerinnen und Schüler mit stipendienrechtlichem Wohnsitz im Kanton Thurgau. Ausserdem befasst sich die Abteilung mit allen Schulgeldfragen.